随着创客实验室从社会逐步延伸至校园，创客实验室与创客空间的定位有所不同。对于学校教育而言，创客实验室的价值在于创意的成型与商业化，其重点是创造一个环境培育学生的创客思维，追求的不是一个思想结果，而是一个思维过程。因此，学校创办一个符合学校教育需求的创客实验室，去照搬现在商业社会的创客模式并不合适。校园创客实验室主要定位的主题偏向智能机器人、Arduino、3D打印、手工制作、激光切割等。
实验室设计前应根据该实验流程来确定仪器的种类、数量、规格型号、外形尺寸、电压功率等参数以及摆放位置，设计师针对性的做出仪器电源、给排水、供气、纯净水以及排风管道接口的设计。实验室的布局和仪器的购买应符合实际检查任务。实验室应根据需要远离灰尘。烟雾、噪声、和带振动源的环境。实验室不应建在主要交通车道、锅炉房、机房和生产车间。
实验室的位置应该合理，例如，选择灰尘小、震动的地方。外壳结构应考虑防震、防尘、防潮，且绝缘性好，光线充足，每个工作室的布局原则是限制样品的流通面积，缩短样品流量行程，尽量减少流动（样品）和人员线路交叉。生活用水和检测用水必须分开，以确保生活用水和水管的相对独立性，以避免相互混合，特别是确保生活用水不被化学试剂污染。实验室布局合理，操作安全、方便，可以避免污染，可以满足工作需要，保证测试结果不受干扰。