1，以商标独占使用许可出资不利于商标的发展和保护
合作成立的新公司由于没有商标所有权，只会考虑短期收益，不会考虑长远收益，不会投入太多财力去进行商标宣传和保护，而由于独占使用许可协议达成之后，商标注册人往往因为在一定期限内无法使用商标，所以也不会非常积极地宣传和保护商标，显然这对商标本身的成长非常不利。只有好的品牌才能快速推广，让消费者记住，获得市场的认可，图形和文字相结合的商标，由于我们常用的汉字有3000字左右，而目前文字商标申请量比较大，导致大部分优品质的文字商标都被注册，因此我们在注册商标时也可以使用图形和文字相结合的商标。
商标使用权入股合作协议：商标就是公司或企业的重要财产，是区别与其他商品的重要标志，也是用户辨认的很重要方式之一，但是商标的取得必须经过规定程序才能取得，这样其他公司不能侵害该公司已登记的商标。商标权评估的意义：有利于企业投资入股。商标权评估作价后，企业可以充分利用这一无形资产进行投资入股。1、先看类别商标存在45类，有时候在名字相同的情况下，类别不同也会有不同的效果，因此名字起的再好，也要有类别作为基础支撑。对于出资方来讲，用商标权投资可以减少现金支出，以较少的现金投入获得较大的投资收益。在《商标法》等知识产权法中，权利“转让”特指所有权转让。也就是说从知识产权法的立法表述看，法律规定的知识产权出资只能是知识产权所有权，不能以使用权出资，因为只有所有权才谈得上“转让”，使用权只能说是“使用许可”。
以商标使用权出资，转让的是商标使用权。通常情况下是进行商标独占许可入股，由商标注册人和被投资企业签订长期的商标独占使用许可合同，将该注册商标仅许可被投资企业使用，注册人依照约定不得使用该注册商标，但仍然享有其他权利。商标入股出资程序不同，以商标使用权出资时，注册人与被投资企业签订的是商标独占使用许可协议，因此需要把协议向商标局备案。简单易记，符合行业需求，能体现出某种商品的特征的商标，就不愁没人买，因为商标是要实际应用到产品上才能够产生价值，一个好的商标就是一个容易让人产生认同和共鸣的符号。商标权评估的意义：有利于企业申请质押借贷。企业要发展、壮大生产和经营规模，需要注入大量的资金。商标权评估后，可以凭法定评估机构的证书到银行申请商标权质押借贷。