档案文件在整理过程中要注意维护和保持原有的基础
档案文件是在特定的历史、条件、环境、事件背景下形成的，在整理过程中一定要维护和保持，以便未来再现这种历史联系。档案的整理应该充分利用原有的基础，充分重视和利用先前整理的基础，不要轻易的打乱、重整。
例如业务部门或者文书人员整理的顺序、整理的方法，如果仅因为个人感觉已经落伍，就把它重新打乱、重新按照自已的要求来做，像这种观念是不可取的，我们提倡应该充分的重视和利用之前已经整理好的那种已有的这个基础。
对于档案实体整理标准是客观判断来进行合理干预及真实还原
档案实体是数字性和保护的客体，是数字化设备的直接作用对象，是直接影响档案数字化品质的关键因素之一。在实施数字化之前，对于档案实体的客观整理标准就是客观判断档案实体状态，干预、真实还原，大限度保留原始档案的原汁原味。它的整理标准包括：页码标记完整准确，不缺页跳页；档案案卷或文件整洁整齐，无卷边，无折页；如遇纸张发脆或载体破杯（如虫蛀、磨损等）要以宣纸托裱、修补或加固；页码规范，无跳页缺页漏页；脊背装订且纸张状况良好的可视情况进行裁剪，非标准规格的档案应通过接边、衬纸等方式进行加工，做好这些利于快速扫描。
档案的装订是档案整理重要的内容之一
档案装订工作的重要性不容忽视。纸质文书档案作为重要的原始凭证，其整理和保管在档案管理中至关重要，其中档案装订工作是档案整理中重要的内容之一。由于档案分类、内容不同，其装订方法也应有所差异，主要包括了独立装订和混合装订的方式在实际整理过程中，工作人员应根据档案的实际情况，选择合理的装订方式。另外为了提高后期档案查阅效率，应将完成装订的相关档案放置在同一个类目中进行保管。
档案案卷的加工整理和运筹方向
档案案卷的加工整理内容: 案卷内文件编号，填写卷内文件目录和卷末备考表，卷内文件技术修整，填写案卷封面，案卷装封等; 确定各类内案卷的排列顺序和案卷编号，编制案卷目录。以上这些序列步骤，只是系统地整理零散文件的一般程序。在实际工作中，应根据不同情况，因档案的状况和整理的具体要求而采取相应的程序安排。从上述步骤的全过程可以看出如下特点:零散文件整理程序，是在档案整理工作基本程序的基础上，有规律地交错结合而组成的;零散文件的整理程序及其实际运用较为复杂，但如运筹得当，却又可能摆脱材料由文书部门经档案室到档案馆这种常规流程所造成的限制，而把整理工作程序组织的更为科学。