饮水机消毒步骤：拔去电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排污管，排净余水，因为排污管里的剩余水才是导致饮水机二次污染的关键。然后，再打开所有饮水开关放水。饮水机喷塑件表面应光滑平整，色泽均匀，深层牢固，不应有裂痕、划伤、起泡等缺陷，各接缝处连接匀称。首先检查饮水机顶盖，若没有聪明座的，说明进水系统不具备预防二次污染，此类饮水机不宜选购。聪明座装入要牢固，拆卸应顺畅。当水温下降到设定温度时，温控器触点接通电源回路，电热管重新发热，如此周而复始地使水温保持在85-95℃之间。温热饮水机电路中为双重保护元件，当饮水机超温或发生短路故障时，超温保险器自动熔或手动复位温控器自动断开加热回路电源，起到保护作用。
搬运机器要轻拿轻放，搬动压缩机制冷的饮水机时，应尽量保持直立移动，若要倾斜时，其倾不得大于45度，且搬运后要静止一段时间后，方可工作。当水温下降到设定温度时，温控器触点接通电源回路，电热管重新发热，如此周而复始地使水温保持在85-95℃之间。温热饮水机电路中为双重保护元件，当饮水机超温或发生短路故障时，超温保险器自动熔或手动复位温控器自动断开加热回路电源，起到保护作用。将水桶插到聪明座之后，水桶的水自动流入冷胆热罐，由于桶内压差作用，桶内应有气泡上升并出现间断性的响声；按下水按手，气泡、响声随之消除，说明进水正常。检查冷胆、热罐排水管的胶塞是否牢固，有没有卡环卡牢胶塞。
温热型饮水机另一路为“加热”指示灯提供电压作加热指示。当热罐内的水被加热到设定的温度时，温控器触点断开，切断加热及加热指示回路电源，“加热”指示灯熄灭，电热管停止加热。通过管线接入净化后的水源，与净水器配套使用。管线饮水机（也有称为管道饮水机）是通过使用接头与水管直接连接到主供水水源（如自来水），也有通过一个净水系统再连接至主供水水源。总之，不需要水桶。将300毫升消毒剂溶解到2升左右水里，再装满整个饮水机内胆，并放置10—15分钟。打开饮水机的所有开关，包括排污管和饮水开关，排净消毒液。
饮水机消毒完后，还可能有微量的消毒液残留，不能马上饮用。应该先放一杯水，闻闻有没有味。如果有，应该再放水，直到闻不出味才能放心饮用。用镊子夹住酒精棉花，仔细擦洗饮水机内胆。饮水机内胆由于直接与空气接触，很容易积聚细菌。用酒精擦洗，可以去除上面的污垢，为下一步消毒做准备。桶装机器上方放桶装水，与桶装水配套使用。桶装饮水机在20世纪中期之前就出现了，这种饮水机被设计为机身顶部的一个专门的连接器倒放置水桶，国外新款饮水机把桶装水放在机器的下部，由吸水泵吸入，这种方式比常规饮水机更加安全卫生，由于饮水机的不同，桶的规格也有很多种。